Komplikasi dapat terjadi jika penyebab yang mendasari kondisi ini tidak tertangani dengan baik. Sebagai contoh, bila kondisi ini terjadi akibat sindrom iritasi usus, ada beberapa komplikasi yang dapat terjadi. Salah satunya seperti serangan diare dan sembelit yang berulang. Selain itu, pengidap sindrom iritasi usus juga rentan terkena wasir. Selain itu, sakit perut kronis juga dapat menyebabkan komplikasi berbahaya, termasuk perubahan kebiasaan dan tekanan psikologis. Misalnya, orang dengan sindrom iritasi usus besar (IBS), lebih mungkin mengalami gangguan mood seperti depresi dan kecemasan.